La velocidad máxima depende de muchas cosas del vehículo: la transmisión, la aerodinámica, y muchos otros detalles.

El cuento en papel es así:

Yamaha 2009 YZF-R6:
Peso húmedo: 188 kg
100.00 hp @ 14,100 rpm

Suzuki 2009 GSX-R600:
Peso húmedo: 196 kg
105.15 hp @ 13,000rpm

Esto nos da una tasa de potencia/peso de 0.53 hp/kg para la yzf y de 0.54 hp/kg para la gsx.

Esto quiere decir que sin tener en cuenta la transmisión, las condiciones de la pista, o cuánta resistencia al avance el aire produce en la en la moto, en fin, es un hecho que la gsx tiene el potencial para ir mas rápido, pues la potencia que su motor entrega tiene menos peso que arrastrar.

Pero como se ve, la diferencia teórica no es muy significativa. Como dije, esto es en papel. En la vida real los resultados pueden ser otros muy diferentes, debido a que hay varios factores en juego que hacen que velocidad final se comprometa para darle paso a otras ventajas.

La especificaciones las saque de http://www.motorcycle-usa.com y de las páginas de los correspondientes fabricantes.